根据科技局职责，机关设5个职能股（室）：
    （一）办公室
       负责全旗科技政策性文件的起草工作；负责全旗科技政策、法规的贯彻落实及软科学调研工作；负责督查全旗各项科技战略措施的实施；协助局领导处理日常工作，协调机关政务工作；负责会议组织、综合材料的起草和机关文秘档案、保卫保密、信访、信息、督查、后勤及规章制度建设等工作；负责机关精神文明建设工作。负责本系统党务，协同组织部门管理全旗科技副职；负责制定全旗科技体制改革总体方案和措施，指导全旗科技推广单位体制改革工作；协同组织、人事部门制定科技人员管理制度和办法；组织各方面专家及科技人员进行科技政策咨询工作。管理全旗各项科技经费；保证政策规定投资足额到位；编制科技三项费、科技成果转化费、科普经费和科技合作经费等有关经费的预决算；监管局机关和所属事业单位国有资产；负责科技有偿项目经费回收工作。
     （二）科技发展计划室
       编制和管理全旗年度科技发展计划；提出全旗各类科技发展计划的协调及科技项目经费配置计划，编制全旗中长期科技发展规划和各类科技发展计划，并组织实施；负责编制全旗科技示范基地、科技园区建设计划，并组织实施；负责科技项目的立项、论证、招投标、组织鉴定验收和项目库建设；管理国家、自治区和锡盟下达的各类科技项目，并组织实施；负责全旗科技统计工作。负责全旗科技成果报奖工作。
     （三）工农牧业技术发展室
       负责推动全旗企业科技进步与创新工作，推进工业化战略的实施；管理全旗民营科技企业、科技先导型企业、高新技术企业。贯彻落实国家、自治区、锡盟促进农村牧区科技与社会发展的有关方针、政策和措施；配合围封转移战略的实施，制定并组织实施农牧业适用技术发展计划；组织实施农村牧区与社会发展方面的国家、自治区、锡盟重大科技攻关计划、科技项目和社会发展计划；指导农村牧区科技示范、技术推广和技术承包工作；指导全旗涉及人口、资源、环境、科技扶贫、科技兴旗和可持续发展综合试验与示范等工作；负责全旗科技工作综合性材料的起草工作。
     （四）知识产权室
       贯彻执行国家关于知识产权有关工作的方针、政策、法律、法规；提出加强全旗有关知识产权保护、技术合同仲裁等工作的措施、办法；做好有关知识产权方面的协调工作；编制全旗专利工作规划与计划，并组织实施；负责全旗专利转让、专利贸易许可、专利权质押、专利广告的出证管理工作；负责处理专利纠纷和查处冒充专利行为的工作；负责《中华人民共和国专利法》及有关法规的宣传普及工作；负责有关专利、知识产权统计和档案管理工作；负责全旗技术市场管理、仲裁，技术合同登记、认定、仲裁。
     （五）科技合作办
       编制全旗科技合作规划，负责全旗与国内外科技合作工作，重点负责《苏尼特右旗、内蒙古农业大学实施科教兴旗建立区域经济发展示范旗协议书》各项工作。负责生态环境恢复建设和草地畜牧业可持续发展，现代家庭农牧场示范基地，家畜优良品种改良与疫病防治，草食家畜饲养管理模式，畜产品深加工和产业链建设，高效畜牧业基地建设示范，牧区节水示范基地，新能源开发利用与推广等领域的科技合作工作。